Deux missionnaires mirent le pied sur Erromango en 1839, et la mort de l'un de leurs membres les plus réputés (John Williams de la London missionary Society) incitèrent les sociétés missionnaires à agir avec plus de discernement. Au cours des 9 années suivantes, ils utilisèrent des Polynésiens convertis. Les Polynésiens étaient considérés comme de la chair à canon, s'ils survivaient, les Européens pouvaient alors débarquer en sécurité. En 1845, Turner déposa des moniteurs samoans sur Efate, mais la plupart d'entre eux furent tués en quelques années.

Par la suite, des prêcheurs catholiques, protestants et anglicans venus de France, d'Angleterre et de Nouméa firent diverses tentatives de séjours de courte durée pour convertir les Ni Vanuatu, qui aboutirent par la mort de certains d'entre eux ou des retraites précipitées. Cependant, ils ne se déclarèrent pas vaincus et dans les années 1860 des missions de différentes confessions existaient dans l'archipel.

Les effets de leur présence sur les populations locales furent variés. Parmi ceux qui adoptèrent le christianisme, nombreux furent ceux qui disparurent, du fait qu'ils étaient plus exposés aux maladies introduites par les missionnaires. Des épidémies aussi diverses que la dysenterie, la rougeole, la variole, la grippe, la pneumonie, la scarlatine, les oreillons et le simple, mais souvent mortel rhume. 
 

Les médecines traditionnelles, combinées à un certain degré d'immunité, qui avait fait leurs preuves avec les maladies endémiques, n'eurent aucun poids contre ces horreurs.
En conséquence, ceux qui n'avaient pas cédé aux religions étrangères embrassèrent un point de vue intéressant et compréhensible : certains estimèrent que les nouvelles doctrines et leurs Dieux n'avaient aucun pouvoir sur le mal, d'autres adoptèrent une attitude plus pragmatique, dans la mesure où toute maladie est issue de la sorcellerie, le christianisme devait donc être particulièrement malveillant pour s'en prendre à ses propres fidèles d'une manière si violente. Cette prise de position aboutit à la mort de nombreux missionnaires après les épidémies.

Photo avec la permission du Centre Culturel du Vanuatu John Layard, Missionaire à Malekula, 1914-1915

Cependant, les missionnaires continuaient à arriver et finirent par avoir un impact sur la société mélanésienne, en certains endroits leur présence détruisit à jamais le riche héritage séculaire des communautés. Étonnamment, le catholicisme en particulier fut adopté le plus rapidement, les religieux ne désapprouvant pas le fait que les natifs introduisent certaines de leurs croyances animistes au dogme catholique. Le succès du catholicisme devait avoir un effet puissant sur la manière dont le pays, connu alors sous les Nouvelles-Hébrides, serait finalement gouverné.