À la fin du 16e siècle, les explorateurs européens étaient persuadés qu’il existait un continent dans l’hémisphère sud pour faire contre poids aux grandes masses continentales du nord. Deux expéditions espagnoles quittèrent le Pérou à sa recherche sans succès, ils découvrirent en revanche l'archipel des Salomon. Un lieutenant portugais, effectuant son deuxième voyage, Pedro Ferdinand de Quiros sauva l'équipage après la mort du pilote Mendana à Santa Cruz, en ramenant toute la troupe aux Philippines. Pendant les dix années suivantes, de Quiros divisa la couronne espagnole pour faire financer une autre expédition. Finalement en 1605 il arriva à ses fins et on lui donna l'ordre de partir à la recherche de ce continent mythique, de le coloniser et de convertir les habitants au catholicisme. (À cette époque, le roi d'Espagne était le Pape Clément VIII)

Le 21 décembre, de Quiros quitta le Pérou avec une flotte de trois petits navires montés par 140 hommes d'équipage, soldats, aventuriers et moines. Après un long voyage, il arriva une fois de plus aux Salomon, et apprit que plus au sud se trouvait une grande terre du nom de Mallicollo.

Le 25 avril 1606, la vigie aperçut le pic de l'île de Mere Lava. De Quiros s'arrêta peu de temps à Gaua avant de mettre le cap vers le sud. Le 3 mai, il entra dans Big Bay, et du fait de sa taille, estima qu'il avait fini sa quête du nouveau continent. Il nomma cette terre Australia del Espiritu Santo.

Avec la diplomatie coutumière des Espagnols conquistadors de l'époque, il posa pied à terre à Big Bay et sans tarder fit feu sur les natifs curieux qui surgissaient sous les frondaisons, puis prit possession du pays au nom de Dieu et de l'Espagne. De Quiros établit une colonie du nom de Nouvelle Jérusalem près de la rivière Jourdain. Rapidement son instabilité mentale fit surface, il s'autoproclama Roi, mais les fièvres, l'hostilité des iliens et autres problèmes poussèrent les hommes d'équipage et les colons à se révolter contre de Quiros de plus en plus déséquilibré. Et seulement 54 jours plus tard, de Quiros fut obligé de partir. Son rapport faisant état d'un nouveau monde fabuleux eut peu d'impact à la Cour d'Espagne et ses tentatives de lever une autre expédition échouèrent. L’archipel retrouva pour cent soixante ans le calme et la paix.

En 1766, le Français Louis Antoine de Bougainville se lança dans un voyage de découverte avec deux navires. Ses explorations furent plus méthodiques et il releva les îles deMaewo, Pentecôte, Ambrym (tout en ne pouvant affirmer qu'il ne s'agissait pas d'une seule grande terre) et Malekula, en plus d’apporter la preuve qu'Espiritu Santo était en fait une île et non le continent mythique de l'hémisphère sud. Dans un accès d'égo typique des explorateurs, il donna son nom au canal qui sépare Malekula et Espiritu Santo.

Les escales de Bougainville furent mises à profit pour embarquer du bois et des fruits frais afin de combattre le scorbut. Chaque fois, son équipage rencontra une hostilité généralement passive, mais parfois active de la part des natifs.

Bougainville observa que les gens d'Aoba (aujourd'hui appelée Ambae, ou Bali Hai par l'écrivain James Michener) semblaient de types distincts, l'un plus sombre et plus petit que l'autre. Cette différence n'étant plus visible, on suppose que la dernière immigration polynésienne eut lieu quelques centaines d'années auparavant tout au plus.

Avant le retour de Bougainville en Europe, James Cook, explorateur anglais avait mis à la voile pour son premier voyage de découverte. Cependant, il ne découvrit le Vanuatu qu'au cours de la deuxième expédition en 1771.

Comme ses prédécesseurs, Cook commandait une flottille comptant avec deux navires. En novembre 1773, les deux bateaux furent séparés par un violent coup de vent dans le nord de la Nouvelle-Zélande. Le deuxième navire, « Adventurer » rentra en Angleterre pendant l'été 1774. Cook passa quelque temps à la recherche de l'Adventurer en mettant cap au sud-est tout d'abord puis vers le nord-ouest. Il se trouvait aux alentours de l'île de Pâques en mai 1774, et vers les Tonga en juin. Il quitta les Tonga le 1er juillet 1774 et le 16 du même mois il aperçut une terre. Le jour suivant il réalisa qu'il était en vue de Australia del Espiritu Santo

Les voyages d'exploration de Cook furent plus importants que ceux de ses prédécesseurs. Comme il naviguait vers le sud, il réalisa que Pentecôte et Ambrym étaient deux îles distinctes et qu'Ambrym comptait avec deux volcans actifs. Plus au sud, il estima que Paama et Lopevi ne faisaient qu'une seule terre. Il identifia Epi en allant vers l'ouest et jeta l'ancre à Port-Sandwich au sud de Malekula, un des meilleurs mouillages de l'archipel.

Pendant les semaines suivantes, Cook continua vers le sud, découvrit Efate, Erromango et Tanna, rencontrant des indigènes pour la plupart suspicieux. Il mit pied à terre plusieurs fois pour obtenir du bois et de l'eau douce, troquer des vêtements et même un chien contre de la nourriture et l'autorisation de prendre de l'eau dans les rivières, voire d'abattre un arbre pour réparer un gouvernail endommagé. On lui refusa partout l'accès à l'intérieur des terres et on lui interdit de faire l'ascension du mont Yasur à Tanna. Il quitta finalement l'archipel, mit à la voile vers le nord le long des côtes ouest de Malekula et Santo.

Tout comme son prédécesseur Bougainville, Cook remarqua que différentes races semblaient occuper différentes régions des îles. Il observa de même la forme allongée et aplatie du crâne de nombreux îliens du nord, mais sans réaliser que cela était dû à une coutume d'élongation du crâne.

En 1786, La Pérouse fut envoyé dans les Mers du Sud par le gouvernement français. On entendit parler de lui pour la dernière fois à Botany bay en Australie, puis il disparut sans laisser de trace. Tout récemment on apprit quel avait été son sort, l'épave de son navire fut découverte sur le récif de l'île Santa Cruz, la plus au sud des Salomon, juste au nord de l'archipel des Torres.

Les explorateurs envoyés à sa recherche, d'Entrecastaux en 1791 et Dumont d'Urville en 1825 rapportèrent avoir aperçu les côtes du Vanuatu, mais ni l'un ni l'autre ne s'en approcha.

Dillon partit, lui aussi, à la recherche de La Pérouse (près de 40 ans plus tard on se demande ce qu'il espérait trouver) en 1826 et arriva à Erromango, il jeta l'ancre dans la baie qui porte encore son nom de nos jours. Cependant à cette époque, les Mers du Sud devenaient de plus en plus courues, du fait entre autres de l'établissement des Anglais en Australie. Malheureusement, ces îles isolées attirèrent l'attention de ce qui peut être tristement, mais correctement, décrit comme le rebut de la race blanche. Les horreurs qui s'en suivirent furent à l'origine de la diminution de la population qui passa de près d'un million d'habitants à l'époque de Cook, à moins de 45 000 lors de la 2e guerre mondiale.